Эта часть наполовину является римейком первой, а на вторую половину - ее продолжением.
При этом события первой части называются "Войной тьмы", а продолжение - "Войной героев".
По окончанию войны первой приходит в себя король Хардин, заявляющий о создании Святой Империи Аканея.
С событий первой части проходит год, подходит время свадьбы принца Шиды и принцессы Марты (за которых мы играли). Внезапно Марту приходит письмо от Хардина о том, что в королевстве Груния произошло восстание и надо идти подавлять.
На месте оказывается что восстал генерал Лоуренс (второстепенный положительный персонаж FE1) и он взял в заложники грунийского принца. Сразу же оказывается, что Лоуренс восстал, потому что местные власти сильно оборзели. Но все не так просто, Хардин специально отправил в Грунию жестокие оккупационные власти, чтобы спровоцировать восстание и целиком захватить ослабленную страну. Сообщив это все, Лоуренс выдает нам задание охранять от Хардина грунийского принца и подрывает себя. Однако сайдкики Хардина все равно забирают детей.
А Хардин направляет нас узбагоивать восставшую Македонию и спасать принцессу Минерву оттуда. Пока спасаем, оказывается что восставшие снова отбили грунийского принца. Больше мы не хотим возвращать его в империю Хардина, вместо этого возвращаемся домой, похоже там тоже какие-то проблемы.
Возвращаемся и узнаем, что Хардин специально выманил нас, чтобы напасть на Аритию. Вощем надо его валить.
Хардин кстати в первой части игры был норм, но оказывается, что о попал под влияние Темной Сферы, то есть его надо не валить, а проводить сеанс экзорцизма Светлой Сферой. Плюс там надо собрать еще сфер, запихнуть их в Эмблемму Огня, она трансформируется в артефактный щит. Забиваем всем этим (плюс артефактным мечом) Хардина. Потом Гарнефа (это маг из первой части, который возродил там дракона, и кстати Хардина он тоже обработал). Потом второй раз валим дракона, который снова в деле. Потом наконец-то женимся и становимся правителем континента.